De Kruispuntgemeente is ontstaan vanuit het missionaire project Lampen en licht in Eindhoven. Dit project is in 2001 opgezet door de Inwendige Zendingsbond (IZB), de Protestantse Gemeente Eindhoven (PGE) en een groep gemeenteleden die al vele jaren in Eindhoven elke zondagmiddag en met enige regelmaat op zondagmorgen kerkdiensten met een reformatorische inhoud organiseerde.

Om dit project te trekken is in 2001 ds. Marius van Duijn aangesteld als missionair predikant. Met kerst 2002 werd de eerste missionaire dienst op zondagmorgen gehouden. Het doel van deze diensten was om met een nieuwe en eigentijdse invulling van de kerkdienst de eeuwenoude boodschap van Jezus Christus te laten klinken voor zoekers, geïnteresseerden en voor gelovige christenen. Het aantal bezoekers groeit sinds de start gestaag.

Na een evaluatie in 2006 is besloten de inmiddels opgebouwde gemeente structureel in te bedden. De Kruispuntgemeente is op 1 juli 2007 officieel geboren als wijkgemeente van bijzondere aard binnen de Protestantse Gemeente Eindhoven. Het 'van bijzondere aard' betekent dat onze leden door de hele stad en in de omgeving van Eindhoven wonen; de wijkgemeente is dus niet aan een geografische wijk in de stad gebonden. Ds. Van Duijn bleef tot 18 juli 2010 om de gemeente verder te vormen. Met zijn vertrek is het project officieel afgerond.

Maar de Kruispuntgemeente gaat verder: missionair onderweg! Na het vertrek van Marius van Duijn is gezocht naar een eigen voltijds predikant, die de komende jaren zijn passie en energie wil geven om mensen met het Evangelie te bereiken in Eindhoven. Deze is gevonden in Sjaak Pauw uit Barneveld die op 27 december 2011 het op hem uitgebrachte beroep heeft aangenomen. In de loop van 2012 zal hij met zijn gezin naar Eindhoven komen.